E´ comum que se tenha problemas para acessar o MySQL se você se esquecer da senha do usuário root usada para conexão com o banco de dados. Teoricamente, não há outra maneira de se conectar. Mas, claro, é possível dar um jeito, sim, para que você possa redefinir a senha sem precisar informar a senha esquecida.

Vamos ao passos, então:

1. Se o servidor MySQL estiver rodando como um serviço do Windows, pare o serviço. Você pode fazer isso através do Painel de Controles, opção Ferramentas Administrativas, item Serviços. Localize, na lista de serviços ativos, o MySQL e escolha a opção Parar o serviço:

2. Depois, vá ao prompt de comando (o antigo MS-DOS) para reiniciar o servidor sem que sejam lidas as permissões de login. Para fazer isso, clique no botão Iniciar, acesse Todos os Programas (ou Programas, dependendo da sua configuração) > Acessórios > Prompt de Comando. Na janela que se abre, digite o seguinte e, depois, pressione ENTER:

CD \Arquivos de Programas\MySQL\mysql server 5.1\bin

Note que o comando acima pode variar se a pasta onde seu MySQL estiver instalado for diferente (caso você tenha especificado um local diferente durante a instalação). Também irá variar conforme a versão. Se a versão que você estiver usando for a 5.0, por exemplo, onde consta 5.1 na linha acima você deverá substituir por 5.0. 

Se o comando deu certo, você deverá estar vendo algo semelhante a isto no prompt de comando:

C:\> CD \Arquivos de Programas\MySQL\mysql server 5.1\bin    C:\Arquivos de Programas\MySQL\mysql server 5.1\bin> _

3. Então, digite  o seguinte:

mysqld --skip-grant-tables

Isso inicia o servidor MySQL sem que as permissões de usuários sejam carregadas.

4. Agora, precisamos iniciar o cliente MySQL, que irá se conectar com este "novo" serviço:  abra de novo uma nova janela do prompt de comando, sem fechar a anterior, e repita o comando do passo "2". Depois, defina uma nova senha para o usuário root, assim:

mysql -u root password "minha-nova-senha"

Substitua "minha-nova-senha" pela senha desejada (mas mantenha as aspas!)

5. Reinicie o computador.

O MySQL, ao ser carregado novamente, deverá já estar apto a receber conexões com a nova senha.